Par la mise en place de l'IFAS-Recherche à Johannesburg en 1995, la France témoignait de son désir de prendre part à la construction de la nouvelle Afrique du Sud sur le plan de la recherche en sciences humaines et sociales. En Afrique australe, la mission de l'IFAS-Recherche est de développer des projets croisés qui concernent les pays de la région, ainsi que de mettre en place des partenariats avec d'autres instituts de recherche sur le continent africain et dans le monde. Chaque année, l'IFAS-Recherche soutient plusieurs chercheurs issus des plus prestigieux centres de recherche français et européens sur l'Afrique australe. L'institut promeut également la mise en place d'équipes de recherche mixtes en lançant des appels d'offre liés à des programmes annuels. Enfin, l'IFAS-Recherche accueille des étudiants et des chercheurs français durant leurs travaux sur le terrain en Afrique australe, et soutient les chercheurs d'Afrique australe dans leurs travaux en Europe.

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